Die Facharztklinik hat die Rechtsform einer gemeinnützigen GmbH und wird unter unternehmerischen Gesichtspunkten geführt. Die Gesellschafter sind die in der Facharztklinik tätigen Ärzte. Ärztlicher Sachverstand fließt somit in die Entscheidungen ein. Erwirtschaftete Überschüsse werden aufgrund der Gemeinnützigkeit wieder in die Klinik investiert.

Die Facharztklinik Hamburg ist eines der 19 Krankenhäuser des Verbandes freier gemeinnütziger Krankenhäuser in Hamburg e.V., DIE FREIEN und der Hamburgischen Krankenhausgesellschaft e.V.